AVEPA fue fundada en 1964 por un pequeño grupo de pioneros en la especialidad de la clínica de pequeños animales. En aquellos días en que la medicina de los animales de compañía era un campo desconocido, e incluso menospreciado en determinados círculos de la veterinaria, la ilusión de los socios fundadores impulsó la primera asociación de veterinarios especialistas en pequeños animales de España que cuenta en la actualidad con 5.600 socios.

AVEPA realiza actualmente actividades de forma ininterrumpida en sus 10 vocalías.

Durante estos 57 años de historia AVEPA ha organizado 56 congresos nacionales y 3 Congresos Mundiales de la WSAVA. La proyección internacional de AVEPA se consolidó participando activamente en la fundación de la FECAVA (Federation of Companion Animal Veterinary Associations), y de la FIAVAC (Federación Iberoamericana de Asociaciones Veterinarias de Animales de Compañía)